先不说三云城是修筑於深山密林之中，单单是崎嶇难行的山路，就导致上杉军难以通过，不少武士、足轻还在攀登的过程中跌下山崖，遭到不少的非战斗减员，根本无法展开兵力。
再加上，三云城外围还挖掘了不少的沟堀，与陡坡、悬崖的组合后，成为一座难攻不落的坚城。
樱田景亲、后藤高治两人眼见己方非战斗减员越来越多后，便认为这样的强攻得不偿失，便果断叫停。上杉军对三云城第一天的攻势宣告结束。
第二天，樱田景亲直接命人將三门佛郎机炮进行架设，意图通过炮击来迫使三云城主动开城投降。
可是，三云城本丸是修筑於三百三十余米的山顶，城墙还是由石垣构成，周边还有密林遮挡，需要精確的计算佛郎机炮的仰角，才能顺利將炮弹打进城中造成有效的杀伤。
可佛郎机炮的仰角有限，並非臼炮，且上杉军还並不擅长对佛郎机炮仰角计算，在试射了几次后，都无法命中山顶的三云城本丸，反而白白浪费了一些炮弹。
眼见炮击无法奏效后，樱田景亲、后藤高治两人只得对三云城採取断水之策，將流经三云城西北方的由良谷川，以及野洲川流经三云城东南方的支流大砂川截断，以此来切断三云城的水源，意图来个『干杀三云』。
但出乎樱田景亲、后藤高治两人意料之外的是，三云城早在上杉军兵临城下之前就已经在城中屯有大量的粮草，並挖掘了水井，以及储存了不少水，使得三云城是既不缺粮，又不缺水。
加上三云城的守军、协防领民还不到两千人，粮草輜重的消耗也远远低於上杉军。
就在樱田景亲、后藤高治两部於三云城外陷入僵持之际，蒲生贤秀的东甲贺郡攻势倒是顺风顺水。
得益於山中家庶流山中俊长、山中俊正父子出仕蒲生家的缘故，使得蒲生势从居城日野音羽城出阵，直至越过笹尾峠进入甲贺郡境內，都没有被甲贺眾察觉。
等到蒲生势来到野洲川下游，准备经青瀨桥过河之际，音羽野城城主顿宫守孝（顿宫四方介之子）才获知了上杉军侵攻的消息。
当顿宫守孝在仓促之下准备带著家眷弃城而逃之际，却被美浓部上总介派来协防的美浓部六右卫门尉刺杀，其首级也被美浓部六右卫门尉献给了与美浓部家有著姻亲关係的蒲生贤秀。
隨著顿宫守孝被討取后，本就因上杉军突然南下袭来而惶惶不可终日的音羽野城上下彻底丧失了战意，加上前任顿宫家家督顿宫四方介与大部分家中武士、忍者阵亡於长光寺城之战，使得顿宫家治下青壮所剩无几。
在美浓部六右卫门尉的里应外合之下，蒲生势几乎不费吹灰之力，便將音羽野城一举攻落。