这时，石部家清才意识到时代变了。
追隨石部家清主动出击的六角军武士、足轻、农兵也都在遭到佛郎机炮的轮番炮击后彻底丧失了战意，谁也无法准確的判断出炮弹坠落的位置，就算是拼命向前也还是会遭到爆炸的波及，士气也因此瓦解。
眼见无法冒著炮火抵近樱田景亲的本队后，石部家清也不再继续坚持原先的计划，只得率残部进行突围，意图退回石部城后继续进行笼城固守。
可樱田景亲可不打算给六角军重返石部城的机会，他当即下令对六角军溃兵进行追击。
在上杉军的一路追亡逐北下，成功尾隨六角军的溃兵攻入了石部城中。
就算石部家清捨生忘死的进行抵抗，也无法扭转不利的战局。
最终，在一番混战之下，以城主石部家清为首的一千余人被討取，石部城也就此陷落。
经过首实检以及打扫战场后，樱田景亲並没有发现六角承禎、六角义治父子的首级或是疑似的尸体，便在稳定了石部城周边的形势后，继续向甲贺郡腹地进发，意图將六角承禎、六角义治父子生擒或討取。
而后，樱田景亲就趁胜在石部庄一带大肆攻城略地。
短短三天之內，樱田景亲便接连率军攻落长寿寺城、丸冈城、雨山城、美松山城、针城等十余座城池兵砦，截断了六角承禎、六角义治父子逃往三云庄的所有大路。
在万般无奈之下，六角承禎、六角义治父子只得故技重施，直接南下逃往邻国伊贺，去寻求友军仁木义视的庇护。
与此同时，后藤高治的这一路也没有遇到什么像样的阻碍。
多喜山城城代三上伊予守（足利將军家奉公眾三上家庶流）自知无力抵御上杉军的凌厉攻势，便在一矢不发的情况下，主动弃城而逃，將多喜山城拱手让给了上杉军。
之后，后藤高治所率的五千余军势成功与樱田景亲部合流。
正当樱田景亲、后藤高治两部在发兵攻向三云城的过程中，却碰了钉子。
三云城早在长享二年（1487年）由三云典膳奉六角高赖之命修筑，本丸位於標高三百三十余米的山顶，背后还有被称之为『八丈岩』的巨大岩石作为屏障。通往本丸的山间小路更是只能容纳一人行走。
再加上，三云城周边还设置了大量的陷阱、障碍物，使得三云城成为甲贺郡境內一夫当关万夫莫开的坚城。
不仅如此，三云家治下领地实高近九万石，很早就获得了六角家颁下的『守护不如』、『免除劳役』等诸多特权，同时还是与青木家、山中家、隱岐家、池田家、和田家並列成为大身国人领主的甲贺六家。