至於生野城以及生野银山的开採，清定可不打算將其交给外样家臣。毕竟，生野银山在导入灰吹法开採后，最盛时期能每月开採一百五十贯（大约五百六十二千克）的白银。
在经过一番权衡后，清定就让五味高重从相模足柄下郡土肥城转封至但马朝来郡，领有八千石知行地，改任生野银山奉行。
出乎清定预料之外的是，上杉家在从太田垣家手中接管生野银山的过程中並没有遇到丝毫的阻挠。
太田垣朝延虽然坏，但他並不愚蠢。在见到上杉家从播磨、丹波两国调集一万一千余军势，並陈兵於但马朝来郡的境目地带后，他自知太田垣家与上杉家的实力相差过於悬殊，加上交好的垣屋家与田结庄家仍然的相互攻杀，根本无暇顾及自己。
故而，太田垣朝延为了家名存续考虑，只得忍气吞声，將占据了四年时间的生野银山就此让出。
当然，清定也不忘对太田垣家进行补偿——太田垣朝延遥领美作、备后两国守护代，许可其自由切取与上杉家敌对方毛利家、新免家、三浦家等大名的领地。
就在清定认为近畿诸国局势已经稳定，並准备率上杉军本队继续班师返回东国之际，加藤段藏却向他匯报了一个消息——有人將原本曝尸荒野的小寺职隆、黑田重隆、佐佐木久连、小寺孝高、小寺利高、小寺甚吉等黑田小寺一族之人的遗体进行了掩埋。
对於此事，清定並不愿节外生枝。
再怎么说黑田小寺一族也是对其主家小寺家尽忠到了最后，像这样的忠义之人自然是需要传颂的，以风励臣节。
而且，上杉家在经略播磨一国的过程中遭到的抵抗是仅次於尾张、近江，这就使得清定打消了挟大胜之余威继续经略南近江甲贺郡、伊贺、淡路、备前、美作等地的想法。他深知古今中外的帝王广施恩信，即便曾经的仇人也一併收揽到自己的麾下，所以才能混一宇內。
清定可不希望之后上杉家在经略西国、四国、九州等地再遇到强力的抵抗，不仅默许了那些不明身份之人偷偷安葬黑田小寺一族之人，还安排將黑田小寺之人的牌位供奉於临近山城、大和两国境目地带的长円寺之中。
虽说上杉家已经將近畿诸国大致静謐，並著手恢復遭受长期兵燹的京都，但清定並没有前去探望正在禁里御所东南方妙云院出家为尼的原府中长尾家家督、越后长尾氏一门总领、越后守护代长尾晴景的侧室藤紫。只是让担任山城守护代、京都所司代等职的八条定繁多注意妙云院周边的治安，避免出现有人前往妙云院寻衅滋事。他还以朝廷的名义升妙云院为妙云寺，安堵寺领两千石。\r\u2029
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