既然天主教已经在清定面前展现了，自己是如何对佛教、神道教誓不两立的姿態，本身也在动摇上杉家乃至朝廷、幕府的法理依据。
再怎么说，扶桑也是號称大日如来之本国，天皇则是天照大神的后裔。
对於加强自身统治法理大义的清定来说，天主教的所作所为，是一而再、再而三的触碰到了他的底线。
若是清定依旧对此不闻不问的话，上杉家將很难在近畿诸国站稳脚跟並进而经略四国、西国、九州等地。
於是，清定在震怒之下便令八条定繁率先对堺町之中的南蛮寺进行捣毁，並没收所有堺町天主教会的財產。
至於先前请求登城的天主教会使者伽斯帕尔比勒拉，清定还是许可其登城，並提出了强行对扶桑百姓进行传教、將扶桑人诱拐並肆意进行买卖、葡萄牙籍传教士食用孩童、將扶桑各国情报提供给本国之人、组织信徒抗拒上杉家的检地，以及天主教会裹挟诸多身份底下之人，有爆发一揆的倾向等十余条质询。
由於葡萄牙籍传教士在九州、近畿诸国等地所做有违初心、不法之事实在是数不胜数，导致伽斯帕尔比勒拉几乎无法对上述质询进行辩解。
眼见伽斯帕尔比勒拉哑口无言后，清定认为此人並不能有效节制葡萄牙籍传教士在上杉家治下领国的所作所为，也不再与其浪费时间，直接下令將其关押至京都所司的地牢之中，准备对他进行火刑，以儆效尤。
隨后，清定还以朝廷、足利將军家的名义还勒令堺町之中凡是信仰天主教者必须改宗，並令其踩踏画有上帝或圣子的画像（影踏），否则將与族人、家眷尽数流放至虾夷地。
为了安抚近畿诸国受天主教会迫害之人，清定还不忘下令於堺町、京都、比叡山延历寺、坂本町、奈良、高野山金刚峰寺、伊势神宫等地竖牌布告：
一、『扶桑为作神国，从天主教之国传授邪法一事，甚为不妥』，直接將扶桑作为神国摆在天主教国家的对立面，禁止天主教即邪教的布教；
二、指责天主教將大名、国人领主、贫苦之人变成信徒，令他们破坏神社、寺院。不论大名还是国人领主，治下领地皆是暂时的，並非永久交给他们，上杉家拥有转封和更换领主的权限。所以，所有人都应遵守“天下御法度”；
三、天主教会於扶桑境內传教会破坏“扶桑之佛法”，是歪门邪道。故而，不能让传教士长期滯留於扶桑境內，限上杉家治下领国之中的传教士於半个月內返回自己的母国，如有违背者將处以极刑；
四、上杉家许可南蛮之人前来扶桑进行贸易，並许可黑船（葡萄牙、西班牙等国的贸易船）暂时停靠於扶桑的海港进行补给，但不得违背王法，更不能诱拐、迫害扶桑之人；
五、窝藏传教士的扶桑人不论身份地位，一概处以极刑，家眷、族人將流放至虾夷地；