眼见上杉家已兵临石山本愿寺外，且有著极大的诚意。本愿寺显如、庆寿院镇永尼、如春尼、明觉寺行兴、盛光寺祐心、净照坊明春、法专坊贤胜、下间赖总、下间赖言等人在经过商议后一致同意了石山本愿寺开城之事。因为，此时的石山本愿寺眼下已经是到了战既不能战，守又守不久，完全陷入了困境，根本没有更好的选择。
再加上，正亲町天皇之弟觉恕法亲王也受清定所託，致信本愿寺显如：“在近卫太傅（太政大臣唐名之一）、上杉左僕射（左大臣唐名之一）奔走斡旋之下，將成为佛法繁荣之基础。若贵寺退出石山御坊，则万事合宜。此事也是天子之意，具体事由將由近卫太傅、上杉左僕射、山科內府等人告知。惶恐惶恐。”
隨著朝廷方面的主动介入，石山本愿寺高层迫於形势，只能同意石山本愿寺开城。
毕竟，没人愿意看到亲鸞上人以来的血脉断绝，更不愿看到一向宗法脉的断绝。为了儘可能保全法脉的存续，以及重视朝廷权威，石山本愿寺高层在万般无奈之下不得不接受世俗权力的支配。
为了体现石山本愿寺一方的诚意，本愿寺显如很快就命亲族、坊官等尽数退出御影堂、阿弥陀堂，並在下令石山本愿寺以及寺內町的守军全面禁止抵抗、放下武器后，就与庆寿院镇永尼、如春尼、明觉寺行兴、盛光寺祐心、净照坊明春、法专坊贤胜、下间赖总、下间赖言等人一同退出了石山御坊，在上杉军的护送下前往京都。
不过，上杉军在接管石山御坊后，清定为了避免近畿诸国的一向一揆眾再对上杉家造成威胁，就打算趁机將本愿寺教团进行拆分。
但同时，清定还划出京都乌丸七条一带，让本愿寺显如的长男本愿寺教如入驻並担任住持，是为东本愿寺（七条本愿寺），寺领一万五千石。
另外，清定还通过朝廷的运作，將越后颈城郡本誓寺作为北本愿寺，继续由本誓寺超贤担任住持，负责统辖北陆道、关东八国、奥羽两州、信浓等地的一向宗分寺。
面对上杉清定拆分本愿寺教团之举，本愿寺显如、庆寿院镇永尼、如春尼、明觉寺行兴、盛光寺祐心、净照坊明春、法专坊贤胜、下间赖总、下间赖言等石山本愿寺高层一开始並没有作太多考虑。毕竟，石山本愿寺方面仅仅只是要求上杉家確保本愿寺的寺领不得低於三万石。
此时的本愿寺教如才只有三岁，並不能处理任何的寺中事务，表面上本愿寺教团被上杉家进行拆分，可实际上，控制权仍在石山本愿寺高层的高层手中。至於本誓寺超贤统辖北陆道、关东八国、奥羽两州、信浓等地的一向宗分寺之事，他们也深知反对无效。
谁让本誓寺超贤在东国之地享有盛名，加上还深受上杉清定的信赖。导致东国绝大部分的一向宗信徒、坊官、代官、僧侣等只知本誓寺超贤，不知一向宗法主。
鑑於石山本愿寺高层皆没有反对自己拆分本愿寺教团之举，清定就赐予他们每人一百两黄金作为安抚。
而本愿寺显如在离开石山御坊后，就派遣使者前往播磨各地，號召播磨一国的一向宗信徒停止与上杉家进行对抗，否则將进行破门处置。