最后，拒不承认大友义镇、北畠具教、毛利元就、伊东义祐、一条兼定、西园寺实充、宇都宫丰纲等人从偽朝处获得的役职、官位，並勒令这些原偽朝一方武家上洛谢罪。
当然，清定在听闻后奈良天皇的女官伊予局、王氏在禁里之变发生后也遭到三好六角联军的毒手后，就派人想方设法找到她们残存的骸骨，一併安葬在后奈良天皇遗体所在的深草北陵之中。
【记住全网最快小説站??s.】
其中，伊予局被追赠为正一位位阶皇后。而王氏因未诞下任何子嗣，故而无法破例追赠为皇后，但还是被追赠为从一位位阶。
至於后奈良天皇尚在人世的普光女王（原安禪寺门跡）、圣秀女王（原曇华院门跡）等皇女，因她们的生母出自广桥家、高仓家等偽朝高位公家而遭到连坐。不仅被除去皇籍的身份，还被清定下令流放至津轻西浜郡。
虽说正亲町天皇不愿见到所剩无几的家人被流放至奥州的苦寒之地，就对清定下达女房奉书，为庶妹普光女王、圣秀女王等人求情，但依旧没能改变他的决断。
在清定看来，自己已经下令將高仓家、广桥家等偽朝高位公家进行族灭，若是继续留下普光女王、圣秀女王等人在皇室之中，可不是一件好事。万一她们將来想为自己的母族进行翻案，或是挑拨上杉家与皇室之间的关係该当如何
故而，清定就打算將这种威胁完全消除在襁褓之中。
与此同时，朽木藤纲、朽木成纲、朽木辉孝、宫川赖忠等朽木眾诸將彻底肃清了盘踞在高岛郡境內的比良山、蓬莱山、权现山等深山之中的浅井甚七郎、赤尾甚介、田那部平內、八木又八郎等浅井家余孽，將討取的三百余颗首级送往京都，交由清定来进行首实检。
至此，北近江半国之中的与上杉家敌对的势力皆不復存在，清定也能放心让皇室、公家取道若狭街道或西近江街道至若狭，再乘船渡海前往越后颈城郡的直江津。
为了避免敌对势力因皇室、公家尽数迁往东国而大举反攻，清定便安排同族重臣八条春纲、八条宪繁二人率七千五百余军势沿途护送皇室、公家前往越后府中，並令须田村定、平田宗定、松仓周防守、小国若狭守等越后水军眾、丹后水军眾负责海路警护。他自己则是继续统辖官军各部与三好家、赤松家、六角家、仁木家、伊势北畠家等敌对势力相持。
永禄二年，二月五日。
当山城全境已是冰雪消融、春暖花开之时，正亲町天皇就在一眾上杉军武士的护卫下恋恋不捨的登上了牛车，离开了长期生活的京都。
从此以后，曾经上演过城头变幻大王旗，也见证过足利將军家兴衰的京都，在这一刻起丧失了扶桑的中心地位，仅仅保留著国都之名。
京都的町民、商人、农民等各个阶层，也只能借著酒意，用著悲凉且无奈的语气来诉说逝去的骄傲和荣光