其中就包括，足利义辉之母、前关白近卫尚通（近卫前久的祖父）之女庆寿院，以及足利义辉侧室进士小侍从（进士晴舍之女）、嫡男足利辉若丸等十余人也一同遇害，仅有一女耀姬被足利將军家奉公眾的能势光赖趁乱带出，一路逃往河內砂之城，去前往同为足利將军家奉公眾的河內结城领避难。
然而，急！剧情重大转折！速看。现任河內结城家家督结城忠正可是两属领主，即同时臣从於足利將军家、三好家旗下，且先前还被三好长庆配置给松永久秀当与力。
结城忠正可不打算引火烧身，在获知松永久秀已经倒向上杉家一方后，他毫不犹豫的將能势光赖、足利耀姬诱捕后送往上杉军本队，交由上杉清定来亲自处置。
与足利义辉相比，细川氏纲显然是有些自知之明的。
细川氏纲深知丹波一国陷落后，山城全境陷落也只是时间问题，与上杉家交锋並非明智之举。
再加上，京兆细川家早在內訌以及与三好家交恶后遭到重创，至今都没能恢復元气，残余的被官眾、旗下国人领主们大都为三好家效力。
於是，细川氏纲便在家中重臣茨木长吉的护卫下，一路逃往三好家原先的本据越水城，並做好逃往播磨的准备。
至於被三好家、京兆细川家所拋弃的伏见宫一族，以及偽朝高位公卿们就没那么好的运气了。
由於三好军在京都周边的滥妨狼藉，导致京都周边的领民不仅痛恨三好军，甚至还非常痛恨偽朝高层、足利將军家、京兆细川家的不作为、听之任之。
最后，偽法皇伏见宫贞敦、偽上皇伏见宫邦辅、偽东宫伏见宫贞康、偽劝休寺门跡宽钦法亲王、偽仁和寺门跡任助法亲王、偽关白二条晴良正室位子女王、偽天台座主应胤入道亲王、偽安禪寺门跡伏见宫惠彭、偽中宫寺门跡伏见宫尊智；偽总持院门跡伏见宫周恭、偽中务卿伏见宫邦茂等伏见宫一族皆在禁里御所之中被生擒，没有一个漏网之鱼。
而以偽关白二条晴良、偽內大臣九条稙通、偽大纳言今出川公彦、偽右大臣花山院家辅、偽权大纳言高仓永相、偽大纳言广桥国光、偽权大纳言庭田重保、偽阴阳头勘解由小路在富等人为首的偽朝高层公卿要么是躲在寺院之中，要么是躲著民居之中，要么在躲在自家的枯井之中。这些人无一例外地被京都的町民、商人、僧侣等告发，而后被上杉军逐一擒获。
即便上杉军先阵以及北陆道上杉军主力先后进入京都，並扫清零星的抵抗，但此时的京都却是“风昏昼色飞斜雨，冤骨千堆髑髏语”，完全一片人间地狱景象。
原先在京都积储的粮食要么已经吃光，要么在上杉军的袭扰中被烧毁。
即使有人进入京都贩粮，也显得杯水车薪，一石粮要卖至两千铜钱以上，到处都是饿殍和被丟弃的婴儿。
在飢饿面前，礼义廉耻已经不復存在，为了爭夺一口粮食，商人、町民、浪人、山伏等各个阶层纷纷恃强凌弱，杀人劫粮之事时有发生。
先前，三好军尚驻扎在京都之时就大开杀戒，以斩首威慑，但对濒临饿死的人来说，斩首或许还是解脱。
为了恢復秩序，三好家在撤出京都之前是斩首、火刑、碟刑等诸多酷刑都用上了，但还是无法制止行凶之事。京都之中还有许多人想逃往上杉军的阵地投降，但被三好军抓住，都会遭受残酷狠毒的酷刑。
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