隨著京都大半被烧毁，最先出现的连锁反应是出现了比较严重的饥荒，首当其衝的是普通百姓。很多穷人挣扎在死亡线上，死者填满沟堑。同时，宣告了偽朝灭亡的倒计时开始。
现如今，京都的局势已是日薄西山、朝不虑夕，处於崩溃的边缘。
早在上杉家的各路大军攻入近江境內，並攻灭浅井家、击败六角家后，偽朝上下以及足利將军家、京兆细川家、三好家等肯定预感到了迎面而来的杀气。
面对未来，偽帝伏见宫邦辅、偽法皇伏见宫贞敦二人应该何去何从是战，还是降这是一个不易选择的难题。
战斗的后果很可能是血染沙场。
正所谓千古艰难惟一死。
死亡，绝不是那些在上流社会养尊处优的达官贵人们的首选。而投降只会貽笑千古，甚至连弱女子也看不起这种奴顏婢膝、摇尾乞怜的行为，就好像五代十国时期后蜀国的花蕊夫人为嘲讽君主孟昶降宋所写的诗：君王城上竖降旗，妾在深宫那得知十四万人齐解甲，寧无一个是男儿！
现在“天子”不是人，他爹是老天，他把你家房拆了你都得庆幸，人家没让他爹打雷把你人劈了。
不论古今中外，宗教具有將组织成本极大降低的效果，“皇权”其实自从诞生之初，就已经具有宗教属性了。
老天爷这个爹也不是吃著你就向著你，你这儿子要是当的不好让天下百姓民不聊生，你爹就降灾警告你了，你要是一而再再而三的不知悔改，老天爷就不要你这儿子了（国家將有失道之败，而天乃先出灾害以谴告之，不知自省，又出怪异以警惧之，尚不知变，乃伤败乃至）。
综上所述，既不能战，又不想投降的，唯一的选择只能是逃亡。
永禄元年，偽朝如意二年，十月十五日。
走投无路、內外交困、孤立无援的清水山城被北陆道上杉军攻落，自守將高岛高贤、高岛正氏（高岛高贤之子）以下一千余人被討取。
隨后，柿崎景家、斋藤朝信等北陆道上杉军诸將还挟大胜之余威火速南下，在林员清、林右京亮、猪饲升贞、居初又次郎、马场孙次郎等琵琶湖水军眾、坚田眾诸將的引导下，一举攻落了一向宗在近江一国之中最后的一座寺院显证寺。
显证寺住持显证寺政淳原本在显证寺陷落之前在十余名僧兵的护卫下，意图逃往一向宗总本山石山本愿寺，结果在途经比叡山延历寺的寺领之际，被延历寺僧兵察觉。
因寡不敌眾，显证寺政淳麾下的僧兵很快就被尽数討取，一个不留。而显证寺政淳也被锦识寺胜慧押送至观音寺城，交由上杉清定来处置。
至此，高岛郡全境以及志贺郡大部被北陆道上杉军压制。
很快，上杉军攻落清水山城、显证寺的消息迅速传到了禁里御所。
偽帝伏见宫邦辅、偽法皇伏见宫贞敦紧急在清凉殿上召见二条晴良、九条稙通、高仓永家、广桥国光、薄以绪、勘解由小路在富等公卿，也不拐弯抹角，直接表態要“巡幸阿州”，意思是打算逃到三好家的根本之地阿波国去躲避上杉军的兵锋。