眼下，长岛一向一揆眾屡战屡败、丟城失地、损兵折將，就算是名义上的住持愿证寺证意都无法来收这烂摊子。加上原计划派出的使者下间玄赖也被俘，使得长岛愿证寺与外界完全中断了联繫。
作为长岛愿证寺下辖分寺住持的法泉寺空明，他原本是站在石山派一方，想著躋身至长岛愿证寺的决策层中，获得更多的权力和寺领。
可是，当伊藤行秀、伊藤实伦、伊藤祐直、伊藤藏人、伊藤缝殿助、樋口亲氏等长岛派长岛一向一揆眾诸將在濒临覆灭之际，引来了上杉家介入后，一切都变了。
法泉寺空明不仅没能获得更多权力，就连自己的根本之地法泉寺都被上杉军所捣毁。在万般无奈之下，只能率残部逃入愿证寺之中苟延残喘。
虽说三好长延也是石山本愿寺派来下向至长岛愿证寺的坊官之一，但他可与下间赖旦、下间赖成等好战分子不同，还是保持了一定的理智。
再怎么说，上杉清定在继承了越后上杉家的家名后，就放开了信奉一向宗的限制，並废除了『无碍光眾禁止令』，还將一向宗之中德高望重，且作为本愿寺一家眾之一的本誓寺超贤迎入越后，为其重建本誓寺。这些举动，让上杉清定贏得了北陆道诸国之中不少一向宗信徒的好感。这就使得上杉家后续经略越中、佐渡、能登、越前、飞驒等一向宗影响力较大的令制国时，所受到的阻力较低。
不论古今中外，一个国家征服另一个国家后，被推到前面去控制地方的，往往就是那些服务於征服国的，被征服国的精英人物。
隨著出愿证寺的一万余长岛一向一揆军全军覆没，以及求援使者下间玄赖被俘后，愿证寺上下顿时丧失了战意，以法泉寺空明、三好长延等人为首的分寺住持、坊官，皆心生投降之意。
毕竟，上杉家对待主动投降之人，可不会肆意举起屠刀的，除了那些引起公愤之人。
像下间赖旦这样心思歹毒、囂张跋扈、擅意妄为、乏善可陈之人，就成了愿证寺投降的最大阻力。
为了避免战后遭到上杉家的清算，愿证寺证意、法泉寺空明、三好长延等人在经过一番商议后，就达成一致，將罪责尽数推给下间赖旦、下间赖成、下间丰前法桥、下间丰后法桥、下间赖重等石山本愿寺下向长岛愿证寺的高级坊官，將自己营造成被他们长期迫害的对象。
而后，愿证寺证意、法泉寺空明、三好长延等人便以召开军议为由，在愿证寺的佛殿中设下伏兵，並诱骗下间赖旦前来。
由於下间赖旦麾下的僧兵尽数於寺外被上杉军歼灭，使得他如今与孤家寡人无异。在接到愿证寺证意召开军议的邀请后，认为眼下愿证寺之中尚有与自己交好的法泉寺空明，以及同样出身於石山本愿寺坊官的三好长延等人，也没做多想，便欣然前去。
等下间赖旦一进入佛殿之中，早就埋伏在大门两侧的僧兵们就將紧握的薙刀分別刺入其左肋、右肋。
当下间赖旦还想做出反抗之际，三好长延便抽出腰间的太刀，在一阵寒光过后，便將下间赖旦的首级斩下。
之后，愿证寺证意就让法泉寺空明作为使者，將下间赖旦的首级送往上杉军本阵之中，表示愿证寺愿意开城投降，请求上杉家的赦免。
面对愿证寺的请降，上杉定虎也不拒绝。
在上杉定虎看来，上杉家眼下的主要目標是西进上洛、討伐偽朝，並不是对一向一揆眾斩尽杀绝，更不是彻底压制伊势一国全境。
若是与长岛一向一揆眾的战事迁延日久，上杉军的粮草輜重消耗可是与日俱增，士气和战意还有可能被消磨。
即便上杉定虎代表主君上杉清定接受了长岛愿证寺的降服，她可没有继续让长岛愿证寺保持武装的想法。在近十万上杉军的注视下，愿证寺证意、法泉寺空明、三好长延等人只得让愿证寺之中残存的一向一揆眾交出所有武器，以及破却愿证寺、寺內町之中的所有箭櫓、望楼等防御设施，並对一向一揆眾进行遣散。而且，愿证寺证意、法泉寺空明、三好长延等人还需要前往尾张古渡城，向上杉清定请罪。
作为师从高僧天室光育的上杉定虎，深知若是在没有准备的情况下突然大军被断了归路的，不论古今中外，几乎没有全身而退的！如果往前再接著打，那么由于归路被断，后续的粮草运不上来，自己也容易面临著两线夹击。如果回军，那么后面又容易被敌军主力追击，同样还可能是两线夹击。
最为著名的例子就是威震华夏的武圣关羽。
就算关羽斩庞德、捉于禁，水淹七军，史载『羽威震华夏』！在前方打的曹操都差点迁都，就连鄴城这个曹魏首都风声鹤唳！但后方一旦被缺乏全局眼光的大魏吴王孙权捅了刀子，马上就扛不住了。
后来整个魏国朝堂对於蜀汉的態度就是——蜀，小国尔，名將唯羽。
至此，盘踞在伊势桑名郡杉江庄境內近六十年的长岛一向一揆眾彻底覆灭。曾经鼎盛时期拥有寺领十万石、信徒十余万人的长岛愿证寺再也无法割据一方，恢復曾经的辉煌。
与此同时，曲直瀨道三、曲直瀨玄朔、藤林正保、多罗尾光俊、多罗尾纲知等人在经过千辛万苦后，终於將方仁亲王护送至上杉家治下的若狭境內，並获得了柿崎景家、斋藤朝信、山名祐丰、一色义幸、神余亲纲、河田元亲等人的庇护。
身在尾张古渡城的上杉清定在获知方仁亲王逃出生天后，感到非常高兴，当即下令柿崎景家、斋藤朝信等北陆道上杉军诸將负责派兵沿途护卫，务必將方仁亲王安全护送至美浓岐阜城，沿途诸城务必以迎接自己的规格对待方仁亲王，违者一律严惩不贷。