不过，菅平城城番户仓定次倒是传来了一个令清定更为吃惊的消息——真田信隆先前暗中与武田家中之人有所往来。
鑑於眼下信浓的局势已然开始恶化，清定是寧可信其有，不可信其无。
但是，清定並不打算將真田信隆立即擒拿，或是將其换下。
毕竟，目前负责菅平城守备的还是户仓定次，就算真田信隆是菅平城城主，也不能轻易差遣或调动菅平城中的户仓定次所部军势。
故而，清定打算再观察真田信隆一段时间。
可武田晴信这边並没有因夺取砥石城而满足，他一方面火速向砥石城配置城兵，以免被村上家夺回；另一方面则是继续对村上家家臣、旗下国人领主展开调略。
隨著砥石城陷落的消息传至中塔城后，城中之人更是惶惶不可终日。
小笠原长时更是察觉到村上家大势已去，再也不可能对武田家构成任何威胁了。
而原先追隨小笠原长时至中塔城的家臣、马廻眾更是感到恐慌，相继逃亡。甚至还有人转而出仕了武田家。
如此一来，小笠原长时在中塔城再也无法继续支撑下去。他深知继续自己若是继续待在中塔城中，迟早要將命也丟在这里。
为了避免小笠原家嫡流断绝，小笠原长时选择带著一门亲族眾、家眷以及部分家臣弃城逃往飞驒。
中塔城城主二木重高见主君小笠原长时执意逃离后，自知已是孤掌难鸣，迫於形势只能向武田家投降了。
武田晴信倒是非常欣赏二木重高的忠义，並没有为难於他，反而还让其本领安堵，受马场信房节制。
不仅如此，武田晴信还趁著小笠原长时逃往飞驒后，就立即派遣使者上洛，向足利义晴、足利义藤父子二人献上一百两甲州金、三百贯铜钱，希望足利將军家能让自己补任信浓守护职。同时，还不断派遣小股军势从筑摩郡深志城出阵，直接对村上家本据葛尾城进行袭扰。
至此，不仅信浓守护小笠原家復兴的希望破灭，甚至还丧失了在信浓一国的全部领地。信浓守护小笠原家作为大名而言已经灭亡。
而村上家的处境也好不到哪里去，即便村上义清获得了上田原之战、砥石城之战两次大胜，可眼下却逐渐处於劣势，甚至还濒临四面楚歌的窘境。
隨后，村上义清鑑於村上家在军议评定决策之效率、战败恢復之速度、徵发兵力劳役之规模、粮草輜重之通畅、领內府库之厚薄、军械装备之精良、器械製作之高下、商旅周流之闭合、民气战心之高低等，样样都不及武田家的一半，可以说已经无力继续在葛尾城支撑下去了。
经过一番权衡后，村上义清便效仿小笠原长时那样，弃城而逃，带著家眷、部分家臣去投奔上杉家了。
其实，村上义清自己都有些想不通，明明自己已经两次打得武田晴信惨败而归，甚至还一度对武田家造成了重创，可为什么反而是村上家的领国范围越来越小，武田家的领国范围越来越大。
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